كما حددت الوزارة تسع صعوبات واجهتها في الفترة نفسها، بينها عدم اقتناع بعض القيادات في جهات حكومية بأهمية التقنية، مما يؤدي لمقاومتهم لتطوير الأنظمة والإجراءات، إضافة لتزايد عدد المتقدمين لشغل وظائف حكومية مقابل محدودية الاحتياج، واقترحت الوزارة الحلول المناسبة للصعوبات.